《办法》运用“360度考评反馈法”，对机关职能部门进行全方位、多角度综合评价。为推动机关职能部门与二级单位的联动考核，设置部门关键绩效指标，分两类设定评价系数，部门关键绩效指标考核按主要绩效指标（60%）与挂钩完成指标（40%）设置指标体系，分别设置不同权重，前者按完成情况对应系数进行奖励，后者按实际完成率兑现奖励，考核按月进行，年度累计。月度关键绩效指标评价与半年预评、全年总评相结合，评价结果与机关职能部门绩效薪酬结算部分的一定比例挂钩浮动，半年预评分数的60%和上年度总评分数的40%作为部门绩效薪酬结算依据。

考评方式包括重点管理责任管理考核、上级考核、部门关键绩效指标考核、机关日常工作考核、机关职能部门互评及二级单位逆向测评。

《办法》规定，全年总评根据部门重点管理责任管理考核评价分数（30%）、部门效益指标得分（10%）、部门关键绩效指标得分（40%）、机关工委日常工作考核分数（10%）、机关职能部门互评及二级单位逆向测评分数（10%）和综合加分六部分组成，设置不同的权重，汇总计算出部门全年总评分数。